Đối với vi khuẩn, tốc độ tiến hoá diễn ra một cách nhanh chóng vì
Chọn lọc tự nhiên không tác động trực tiếp lên kiểu gene mà tác động trực tiếp lên kiểu hình nên chỉ khi những thay đổi hệ gene được biểu hiện ra kiểu hình mới chịu tác động của chọn lọc tự nhiên. Vi khuẩn có hệ gene đơn bội nên đột biến được biểu hiện ngay, đồng thời sinh sản nhanh, thời gian thế hệ ngắn, áp lực chọn lọc cao → tốc độ tiến hóa nhanh.